Η Τουρκοκρατία ξεκινά στην Βοιωτία το 1446 μ.Χ. Κατά τη διάρκειά της σημαντικότερο κέντρο της περιοχής αναδείχθηκε η Λιβαδειά. Οι κάτοικοι της Βοιωτίας συμμετείχαν στην Επανάσταση του 1821 και η Βοιωτία απελευθερώθηκε οριστικά μετά τη Μάχη της Πέτρας το 1829. Η Οθωμανική περίοδος Δύο χρόνια μετά την παράδοση της Αθήνας στον Μωάμεθ Β' τον Πορθητή (1458), η Λιβαδειά περιήλθε στην Οθωμανική Αυτοκρατορία και αποτέλεσε καζά, διοικητική υποπεριφέρεια, που υπαγόταν ως το 1470 στο σαντζάκιο Τρικάλων και αργότερα στο σαντζάκιο Ευρίπου. Τον 16ο αιώνα η Λιβαδειά ήταν χάσι (= τόπος χατζήδων) Οθωμανών αξιωματούχων και από την 3η ή 4η δεκαετία του 17ου αιώνα υπήρξε βακούφι της Μέκκας ή, κατ’ άλλους, της Μεδίνας. Τον 18ο αιώνα η πρόσοδος του καζά της Λιβαδειάς αφιερώθηκε στο Γενί-Τζαμί του Σκούταρι, που το είχε ιδρύσει η σύζυγος του σουλτάνου Μεχμέτ Δ΄, η μετέπειτα Βαλιδιέ Σουλτάνα (= Βασιλομήτωρ).